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ポリアクリルアミドゲル電気泳動(PAGE)とは
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ポリアクリルアミドゲル電気泳動(スラブ電気泳動)とは
スラブ電気泳動とは、一般にガラスなどのプレート間に作製したゲルを垂直に立てて電気泳動する方式を言います。主に核酸(DNA/RNA)やタンパク質のポリアクリルアミドゲルの電気泳動(Polyacrylamide Gel Electrophoresis=PAGE)に用いられ、電気泳動の中でも高い分離能を有する方法として広く用いられています。
緩衝液などに溶解した核酸(DNA/RNA)やタンパク質をポリアクリルアミドゲルに添加し、緩衝液中で一定時間電気泳動すると、サイズや分子量、荷電、立体構造などに応じた移動度を示し、結果として各々を分離することが出来ます。核酸は緩衝液中でー(マイナス)に荷電している為、直流電場では陽極に引かれて移動し、その際ゲルの分子ふるい効果により、核酸の分子量に応じた移動度を示します。
タンパク質やペプチドは構成アミノ酸や溶けている緩衝液のpHによって+(プラス)にも-(マイナス)にも荷電する為、SDS*1という陰イオン性界面活性剤をタンパク質に結合させ、タンパク質を一過性に-(マイナス)に荷電させ陽極側に移動させる手法がとられます。これをSDS-PAGE*2と言いスラブ電気泳動の代表的な手法になっています。この時タンパク質はゲルの分子ふるい効果で分子量に応じて分離することが可能となります。また、SDSを添加せず、タンパク質やペプチド固有の荷電などで泳動・分離する方法もあります(native-PAGE)。
*1 SDS:ドデシル硫酸ナトリウム(陰イオン性界面活性剤)
*2 PAGE:ポリアクリルアミドゲル電気泳動
電気泳動後の検出は試料を染色する手法が一般的です。スラブ電気泳動で分離した核酸(DNA/RNA)やタンパク質は透明で、そのままではバンドを確認することができません。そのため、分離された成分の移動度や泳動パターンの確認にはバンドの検出が必要になります。 検出方法には電気泳動前に試料(核酸やタンパク質)に標識(RI、蛍光など)をしておき、泳動・分離後それを検出する方法や、電気泳動終了後、エチジウムブロマイド(EtBr:DNA/RNAの検出)やクマシーブリリアントブルー(CBB:タンパク質の検出)などの色素染色で可視化する方法などがあります。また、ブロッティングと組み合わせることで、ゲルから膜(メンブレン)に移した成分のうち、特定の核酸やタンパク質を高感度に検出する方法もあります。こうして得られた電気泳動パターンから、試料成分の比較、分子量の推定(分子量マーカー必要)や塩基特異性・変異の検出(多型)、精製度・純度の確認、遺伝子発現産物(RNA、タンパク質)の発現量比較などの情報を得ることが可能です。
電気泳動後のバンド検出法
染色方法(製品名) | 染色対象 | 検出方法 |
---|---|---|
エチジウムブロマイド(EtBr)染色 | 核酸 | 紫外線励起、蛍光検出 |
蛍光染色(WSE-7130 EzFluoroStain DNA) 蛍光染色(WSE-7135 EzPreStain DNA&RNA) |
核酸 | 青色LED、紫外線励起、蛍光検出 |
SYPRO Ruby/Orange染色 | タンパク質 | 紫外線励起、蛍光検出 |
蛍光標識(WSE-7010 EzLabel FluoroNeo) | タンパク質(標識) | 青色LED、紫外線励起、蛍光検出 |
クマシーブリリアントブルー(CBB)染色(AE-1340 EzStain AQua) | タンパク質 | 白色透過光 |
銀染色(AE-1360 EzStain Silver) | 核酸/タンパク質 | 白色透過光 |
リバース染色(AE-1310 EzStain Reverse) | タンパク質(SDS) | 黒色シート上、反射光 |